A resistência popular, quase um golpe militar, teve o apoio de positivistas e dos cadetes da Escola Militar. Os acontecimentos, que tiveram início no dia 10 de novembro de 1904, com uma manifestação estudantil, cresceram consideravelmente no dia 12, quando a passeata de manifestantes dirigia-se ao Palácio do Catete, sede do Governo Federal. A população estava alarmada. No domingo, dia 13, o centro do Rio de Janeiro transforma-se em campo de batalha: era a rejeição popular à vacina contra a varíola que ficou conhecida como a Revolta da Vacina, mas que foi muito além do que isto.
Para erradicar a varíola, o sanitarista Oswaldo Cruz convenceu o Congresso a aprovar a Lei da Vacina Obrigatória (31 de Outubro de 1904), que permitia que brigadas sanitárias, acompanhadas por policiais, entrassem nas casas para aplicar a vacina à força.
A população estava confusa e descontente. A cidade parecia em ruínas, muitos perdiam suas casas e outros tantos tiveram seus lares invadidos pelos mata-mosquitos, que agiam acompanhados por policiais. Jornais da oposição criticavam a ação do governo e falavam de supostos perigos causados pela vacina. Além disso, o boato de que a vacina teria de ser aplicada nas "partes íntimas" do corpo (as mulheres teriam que se despir diante dos vacinadores) agravou a ira da população, que se rebelou.
A aprovação da Lei da Vacina foi o estopim da revolta: no dia 5 de novembro, a oposição criava a Liga contra a Vacina Obrigatória. Entre os dias 10 e 16 de novembro, a cidade virou um campo de guerra. A população exaltada depredou lojas, virou e incendiou bondes, fez barricadas, arrancou trilhos, quebrou postes e atacou as forças da polícia com pedras, paus e pedaços de ferro. No dia 14, os cadetes da Escola Militar da Praia Vermelha também se sublevaram contra as medidas baixadas pelo Governo Federal.
A reação popular levou o governo a suspender a obrigatoriedade da vacina e a declarar estado de sítio (16 de Novembro). A rebelião foi contida, deixando 30 mortos e 110 feridos. Centenas de pessoas foram presas e, muitas delas, deportadas para o Acre.
Ao reassumir o controle da situação, o processo de vacinação foi reiniciado, tendo a varíola, em pouco tempo, sido erradicada da capital.